Người nộp thuế được cơ quan thuế ra quyết định giải quyết khiếu nại dẫn tới số tiền thuế, tiền phạt phải nộp theo quyết định giải quyết khiếu nại thấp hơn số tiền thuế, tiền phạt đã nộp theo quyết định xử lý của cơ quan thuế trước đó thì cơ quan thuế phải hoàn trả số tiền thuế, tiền phạt thu không đúng và trả lãi tính trên số tiền nộp thừa này trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày ra quyết định giải quyết khiếu nại. Trường hợp này, cơ quan thuế căn cứ quyết định giải quyết khiếu nại để ra quyết định hoàn thuế, không xử lý bù trừ với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ (trừ trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị bù trừ nợ thuế), không yêu cầu người nộp thuế lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
