Căn cứ vào tình hình thực tế của số đối tượng được thoái trả tiền thuế TNCN đã nộp thừa tính đến hết năm 2008 và theo kiến nghị của Cục Thuế và Doanh nghiệp, để việc hoàn thuế được thuận lợi cho cả cá nhân người lao động và cơ quan chi trả thu nhập, Bộ Tài chính đồng ý việc thực hiện hoàn trả số tiền thuế thu nhập đã nộp thừa cho từng cá nhân thông qua cơ quan chi trả thu nhập, sau đó cơ quan chi trả thu nhập có trách nhiệm hoàn trả lại số thuế nộp thừa cho từng cá nhân. Cơ quan chi trả thu nhập phải có công văn gửi cơ quan thuế đề nghị được làm thủ tục hoàn thuế cho số cá nhân có số thuế được hoàn của đơn vị và phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về số tiền thuế được hoàn trả.
