Trường hợp Công ty đã khấu trừ, kê khai, quyết toán thuế TNCN không đúng quy định (làm giảm số thuế TNCN phải nộp) thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở Công ty. Về xử lý đối với số tiền nộp thừa sẽ được thực hiện theo quy định tại Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.