HKD nộp thuế theo phương pháp khoán, ngoài việc nộp thuế khoán còn phải nộp thuế theo phát sinh thực tế trên hóa đơn.
Trường hợp người mua không yêu cầu xuất hóa đơn thì hộ khoán phải có trách nhiệm khai, điều chỉnh bổ sung để cơ quan thuế xác định lại doanh thu khoán, mức thuế khoán trong thời gian còn lại nếu phần doanh thu không xuất đơn vượt quá doanh thu khoán từ 50% trở lên.
Trường hợp Cơ quan thuế kiểm tra xác định được doanh thu thực tế cao hơn mức doanh thu khoán thì điều chỉnh theo qui định và xử lý vi phạm về kê khai thuế, trốn thuế đối với HKD theo qui định hiện hành.