Trường hợp Công ty ký hợp đồng lao động với người nước ngoài có quốc tịch Nhật Bản trong hợp đồng và thư bổ nhiệm có quy định chi phí tiền lương và nhà ở cho người lao động do Công ty chi trả thì khoản chi phí này Công ty được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN nếu đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC.
Trường hợp Công ty ký hợp đồng với lao động người nước ngoài là cá nhân cư trú tại Việt Nam, vừa nhận lương từ Công ty vừa nhận lương từ Công ty khác tại Nhật Bản, trong hợp đồng lao động có thỏa thuận số thuế thu nhập cá nhân (TNCN) phát sinh của người lao động tính trên toàn bộ thu nhập tại Việt Nam và Nhật Bản sẽ do Công ty chi trả thì khoản thuế TNCN Công ty được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.