Trường hợp cá nhân có đóng các khoản bảo hiểm xã hội bắt buộc theo quy định của pháp luật Nhật Bản và có xác nhận của cơ quan chi trả thu nhập về số tiền bảo hiểm đã khấu trừ, đã nộp thì khoản phí bảo hiểm đó được trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNCN.
Điều chỉnh quyết toán và Bù trừ thuế đã nộp tại nước ngoài:
...sau khi đã nộp hồ sơ quyết toán thuế TNCN, cá nhân này có chứng từ chứng minh số thuế TNCN đã nộp tại nước ngoài trong năm tính thuế làm giảm số thuế TNCN phải nộp thì được lập hồ sơ khai bổ sung điều chỉnh theo hướng dẫn nêu trên và được hoàn lại số thuế đã nộp thừa (nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế).
Thuế TNCN cá nhân không cư trú có thu nhập phát sinh tại VN:
...cá nhân không cư trú tại Việt Nam trong năm tính thuế, nhận luơng và các khoản thu nhập khác do cty chi trả cho công việc tiến hành tại Việt Nam thì cá nhân phải kê khai nộp thuế TNCN theo thuế suất 20% trên khoản thu nhập từ tiền luơng, tiền công và các khoản thu khác phát sinh do thực hiện các công việc tại Việt Nam ( không phân biệt nơi chi trả thu nhập).
1/cá nhân trong năm có thu nhập từ hai nơi phải tự quyết toán
2/Miễn thuế TNCN đối với qui dịnh hướng dẫn thực hiện chế độ dinh dưỡng đặc thù đối với vận động viên, huấn luyện viên thể thao thành tích cao.
3/Khoản chi trang phục tập luyện, thi đấu (quần áo, giày, dụng cụ tập luyện..) mức chi không quá 5 triệu đồng/người/năm tạm thời nhà thi đấu không tính vào thu nhập chịu thuế TNCN...
Phụ cấp chịu thuế:
ngoài tiền công, tiền lương khoản tiền đi lại, ăn ở và chi phí cá nhân khác thì khoản chi phụ cấp bằng tiền này phải tính vào thu nhập chịu thuế
Phụ cấp phải tính vào TNCT:
...khoản phụ cấp công vụ và phụ cấp công tác đảng, đoàn thể chính trị - xã hội, không phải là những khoản phụ cấp được trừ nêu trên do vậy phải tính vào thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân
Khấu trừ thuế trường hợp người nước ngoài về nước (không làm hết năm)...nếu trong năm tính thuế 2012 cư trú tại Việt Nam dưới 183 ngày thì được xác định là cá nhân không cư trú tại Việt Nam. Công ty phải có nghĩa vụ khấu trừ thuế TNCN theo thuế suất 20%